Christian J. Huber studierte als Werkstudent Rechtswissenschaften an der Universität Zürich. Nach dem Doktorat absolvierte er ein Gerichtspraktikum und wurde dann nacheinander Staatsanwalt, Oberstaatsanwalt, Oberrichter und Präsident des zürcherischen Geschworenengerichts. Als solcher leitete er u.a. so aufsehenerregende Prozesse wie den Arsenmord in Winterthur und den Fall des Babyquälers René O.
Nach seiner Wahl in den Regierungsrat des Kantons Zürich führte er von 1999 bis 2005 die Finanzdirektion. Er ist seit 1973 verheiratet und Vater zweier erwachsener Kinder.